Поряд з лісами і озерами у Шацькому парку широко представлені болота, які є невід'ємним компонентом поліського ландшафту. Їх рекреаційна роль незначна, проте вони мають велике наукове значення і, завдяки своєрідній красі, є дуже цікавими для пізнавальних та оглядових екскурсій.

У парку переважають евтрофні або низинні болота, що сформувалися в заплавах річок та на міжозерних просторах. Верхові та перехідні болота зустрічаються рідше і приурочені до міжозерних територій.

У рослинному покриві низинних боліт домінують осоки, очерет, рогіз, а рослинність верхових боліт представлена угрупованнями низькорослої сосни та сфагновими мохами, пухівкою та журавлиною у наземному покриві. А ще тут можна зустріти червонокнижну рослину-хижака – росичку.

Здатність боліт затримувати воду у повноводний період і віддавати її у посуху найбільшу цінність має для озер.

Негативні наслідки для боліт ШНПП мала осушувальна меліорація, проведена в районі Шацьких озер у 60-80-х роках. Меліоративні заходи призвели до істотних змін в природних процесах, зокрема, зменшення площі водно-болотних угідь, зниження води в озерах та загальної площі водозбору.

Зважаючи на це, згідно з "Програмою заходів щодо створення мережі заповідних територій, що охороняються, та ренатуралізації водно-болотних комплексів Полісся" у 1995 році район Шацьких озер було вибрано як полігон із відновлення водно-болотних угідь.

Модельною ділянкою для здійснення практичних дій з ренатуралізації водно-болотних угідь у межах Шацького НПП був обраний район оз. Кримне. Площа реконструкції тут становила 440 га.

Це перший в Україні досвід ренатуралізації водно-болотних угідь. Він став можливим завдяки фінансовій підтримці німецького благодійного офонду EECONET Action Fund (Європейська природна спадщина).

Влітку 1998 року вже за рахунок районної державної адміністрації та Шацького НПП проведені в районі озера Люцимер, а в 2000 році - озер Пулемецьке та Острів'янське.

Таким чином значна частина території національного парку повернута до природного стану, в якому існувала в минулі століття.

Частина боліт та прилеглих до них озерно-лісових комплексів входять до заповідної зони парку:

Лісове болото Втенське — ботанічний заказник державного значення, площею 130,5 га; Утворений у 1980 р. Це дуже своєрідне верхове рідколісне сосново–сфагнове болото з участю журавлини, пухівки піхвової, лохини, багна болотного та інших оліготрофно-болотних видів у трав’яному покриві. У центральній частині болота у формуванні травостою бере участь очерет. Моховий покрив формують сфагни та ін. Болото є кормовою базою тетерева.

 Озерно-болотно-лісовий масив Мошне (614,0 га); включає ліс та невелике евтрофне озеро з сильно зарослими очеретом та рогозом вузьколистим берегами, з незначною товщею води (до 1.5 м) та значним шаром сапропелю (до 12 м). Озеро повністю оточене сосновими лісами, які зазнали впливу гідромеліорації у 70-ті роки. Внаслідок підсушення лісового верхового болота зникли березово-соснові ліси журавлиново-сфагнові. Лісові ділянки чергуються із невеликими трав‘яними болотами. Урочище є місцем поселення чорного лелеки.

Озерно-болотний масив Довге-Кругле (599,0 га) – являє собою систему двох проточних озер Довге і Кругле, що сполучені каналом. Озера оточені чагарниковими і трав‘яними болотами, на яких росте цілий ряд рідкісних видів рослин, у тому числі з Червоної книги України. Щорічно тут відмічаються колонії крячків річкового та чорного.

Лісово-болотний масив між озерами Острів‘янське та Пулемецьке (325,0 га) – характеризується своєрідним поєднанням лісових ділянок з чагарниковими, які представлені вербняками, і трав’яними дрібноосоковими болотами. Лісові ділянки представлені березово-вільховими лісами орляково-чорницевими, гравілатовими і жіночопапоротевими. У формуванні вербняків беруть участь верби попеляста, п’ятитичинкова, розмаринолиста, пурпурова, чорніюча . До верб фрагментарно домішується також і береза низька. Тут є також локалітети зростання рідкісних болотних видів трав.