На території парку Інститутом гідротехніки і меліорації ААН України в 2004 році було закладено нову систему свердловин для спостереження за рівнем ґрунтових та підземних вод – всього 16 свердловин.
Спостереження за рівнем ґрунтових вод ведуться по створах свердловин оз.Пісочне – оз. Мошне (№№ 4 – 6) та оз.Люцимер – р.Прип’ять (№№ 12 – 15). За рівнем підземних вод – по „кущах” свердловин біля озера Пісочне (№ 24,№ 25), біля озера Мошне (№ 4у, № 4н), біля озера Світязь (№ 12, № 13), біля озера Чорне Велике (№ 2H, № 2У), із свердловин по „кущах” – одна за рівнем ґрунтових вод, а інша – за рівнем підземних вод.
Створення свердловин оз.Пісочне – оз. Мошне:
4н, 4у –свердловини для спостеження за рівнем напірних (4н) та ґрунтових вод (4у) розміщені на південному березі озера Мошне, в заповідній зоні парку, у свіжому середньовіковому чорновільшанику.
5у – розміщена в заповідній зоні парку, у середньовіковому сосновому лісі.
6у – розміщена в заповідній зоні парку, у середньовіковому сосновому лісі (межа лісу і поля).
Кущ свердловин – № 24, № 25 – північний берег озера Пісочне, в зоні стаціонарної рекреації, на підвищенні з ксерофітною рослинністю (гусяча лапка, подорожник ланцетолистий, кульбаба, спориш).
Створення свердловин оз.Люцимер – р.Прип’ять:
12у – розміщена в господарській зоні, на віддалі 152 м від озера Люцимер в напрямку села Плоске, у в лісовому масиві з перевагою вільхи чорної.
13у – розміщена в зоні регульованої рекреації, в спілому сосновому лісі.
14у – розміщена в господарській зоні, в середньовіковому сосновому лісі.
15у – розміщена в господарській зоні, в спілому сосновому лісі, біля підніжжя піщаного пагорба.
Кущ свердловин – № 2Н, № 2У – східний берег озера Велике Чорне (прибережна смуга), в зоні регульованої рекреації.
Кущ свердловин – № 12, № 13 – східний берег озера Світязь ( район церкви села Світязь), прибережна смуга озера.
Свердловина № 17У – розміщена в зоні стаціонарної рекреації, на межі мішаного лісу і лук(ур Гушово).
В 2013 році, в зв’язку з будівництвом Хотиславського кар’єру в Білорусі, в безпосередній близькості від території Шацького НПП Інститутом водних проблем і меліорації додатково були закладені три спостережних свердловини за рівнем ґрунтових вод.
Хотиславський створ:
5а – свердловина для спостереження за рівнем ґрунтових вод розміщена на північний схід від озера Святе, в сосновому молодняку.
13у – свердловина для спостереження за рівнем ґрунтових вод розміщена на схід від села Гута, в сосоновому лісі.
2а – свердловина для спостереження за рівнем ґрунтових вод розміщена в напрямку державного кордону із Білорусією, в сосновому лісі.
Відповідно до геологічної будови виділено два основні водоносні горизонти: 1 – водоносний горизонт четвертинних відкладів; 2 – водоносний горизонт крейдових відкладів, які не мають між собою чіткого водотривкого шару, що обумовлює їх тісний гідравлічний та динамічний взаємозв’язок.
Водоносний горизонт четвертинних відкладів поширений по всій території і бере безпосередню участь у формуванні заболочених площ. Живлення відбувається за рахунок атмосферних опадів, а також поверхневих і підземних вод.
Тріщинувата зона крейдових відкладів утримує напірні води з основною областю живлення в межах підвищених рівнин правобережжя Прип’яті. Гідрологічна особливість даного району – постійне підживлення водами крейдового напірного горизонту не тільки ґрунтових вод, але і безпосередньо озер Шацької групи.
Працівники Парку, щомісяця проводять гідрологічний моніторинг по заміру рівнів ґрунтових і напірних вод по свердловинах та динаміки рівнів поверхневих вод по озерах Шацького національного природного парку.
Дані свідчать, що основними чинниками стабільності водного балансу озер залишаються атмосферні опади, підземне напірне живлення та боковий притік із прилеглих територій.
У 2024 році сезонні зміни рівнів вод відповідають природним циклам і не становлять загрози для екосистеми регіону. Моніторинг триває для забезпечення довгострокової екологічної стійкості озер.